Может быть двойная, или даже на несколько проходов - пробуйте через раскодировщики по нескольку раз. Ваш файл не полон, нужна команда которая стоит перед кодом. Кодируют по разному возможно даже сначала зеркально переворачивают потом base64 или наоборот сначала base64 потом переворачивают. Но в любом случае, скрипту чтобы прочитать этот файл нужна определенная команда которая и будет по сути ключем для расшифровки.
В общем всё было сложнее, это пхп закодированн ионкубом, да ещё и с серверной защитой. Короче раскодировал я его. Тему можно закрывать.